気功という言葉自体は、隋や唐の時代の古文献にも登場していますが、東洋医学等で用いられる気功は、１９５０年頃に古典を創出され、定着した言葉にすぎません。しかし、この気功という技自体は、すでに３世紀頃から、「浄明宗教録（じょうめいしゅうきょうろく）」や「抱朴子（ほうぼくし）」という道教系の文献に登場しています。気功の前身となる技は、存在していました。体の各部分に気を導くという導引術（気功療法）、行気（こうき）＝気のめぐらせ方、布気、古い気を吐いて新しい気を取り入れる吐納（とのう）、内丹（ないたん）、存思（ぞんし）＝瞑想、座忘（ざぼう）、静坐（せいざ）等です。

こうした修練法は、日本でも平安時代から研究されていて、江戸時代には貝原益軒（かいばらえきけん）の「養生訓(ようじょうくん)」等色々な本で取り上げられています。

これらの起源については、とても古く、紀元前５世紀の「行気玉佩銘（こうきぎょくはいめい）」は、気功についての最古の史料となっています。この史料には、行気を続けることにより、気血が体内の全経絡を転動し、心身の健康が向上するその経過が述べられています。